Linux at the office: Docear

Bouw je persoonlijke kennisbank op en breng structuur in je verzameling documenten, voorzien van je eigen aantekeningen en commentaar.

 Docear is een referentie management applicatie gemaakt door academici voor academici. Het is bedoeld om literatuur te verzamelen, te onderzoeken, aantekeningen te maken en referenties bij te houden. Echter, ook wanneer je geen promovendus bent, kan het gebruiken van Docear nuttig voor je zijn. In de academische wereld is PDF het meest belangrijke formaat. Om die reden heeft Docear zich geconcentreerd op het werken met PDF’s.

Idee

Het idee achter Docear is dat je jouw persoonlijke kennisbank in de loop der tijd steeds verder ontwikkeld. Dit doe je door PDF-bestanden naar je werkstation te downloaden (bijvoorbeeld via Zotero), deze te verrijken met persoonlijke aantekeningen of commentaar en daarna in te lezen in Docear. Docear houdt de referenties op de achtergrond bij en bij het maken van je proefschrift of scriptie kan Docear deze referenties eenvoudig en geautomatiseerd aan je document toevoegen. Het gebruikt daarvoor de BibTeX standaard. Docear is een open source Java desktop applicatie, gebaseerd op Freeplane, en is te downloaden voor Windows, Mac OS X en Linux. Wij bekeken deze laatste vorm.

Projecten en mindmaps

Je structureert je werk binnen Docear door verschillende projecten door één of meer mindmaps aan te maken. Je maakt in de mindmap een verwijzing aan naar de directory waarin je de documentatie hebt opgebouwd. Dit kan een platte directory zijn, maar ook een directory tree met één of meer onderliggende subdirectories.

 Je kunt je mindmap opbouwen door nodes toe te voegen en in te delen. Je kunt op elk willekeurig moment de mindmap verversen. Wanneer je dat doet, gaat Docear de documenten in de directory of in de directory tree inlezen. Nieuwe documenten verschijnen in de speciale node “incoming”. Hier zie je de naam van het PDF-document en wanneer Docear in dit document aantekeningen (annotaties) gevonden heeft, dan worden die sub-nodes van het document.

 Bij het importeren van de PDF-jes worden de annotaties ingelezen. Docear maakt geen kopie van de PDF en verplaatst ze ook niet. Je mindmap bestaat uit een verwijzing naar de documenten en de annotaties die daarin gemaakt zijn. Wanneer je PDF referenties bevat naar bronnen, dan worden deze op de achtergrond voor je bijgehouden. Documenten kunnen bestaande attributen hebben, deze kun je zelf onderhouden en uitbreiden.

Annotaties

Door een PDF-je te voorzien van je persoonlijke aantekeningen of commentaar en door stukken tekst te markeren, neemt de waarde hiervan als onderdeel van je kennisbank enorm toe. Het is daarom belangrijk dat je deze snel kunt terugvinden. Hierin ligt de kracht van Docear. Docear geeft je overzicht over de annotaties en door deze op de juiste plek in je mindmap op te nemen, zie je onderlinge relaties en kun je ze snel weer terugvinden. Desgewenst kun je dezelfde annotatie op verschillende plekken in je mindmap opnemen. De annotaties blijven tussen Docear en de PDF gesynchroniseerd. Wanneer je in Docear de tekst van de annotatie wijzigt, dan wordt deze meteen ook in de betreffende PDF aangepast. Andersom, wanneer je in de PDF de inhoud van de annotatie aanpast, en in Docear de mindmap ververst, wordt ook daar de tekst aangepast.

 Wanneer je in je mindmap de annotatie van de ene node naar de andere verplaatst, blijft de koppeling naar de PDF intact. Dit geldt ook wanneer je deze naar een andere node kopieert of zelfs naar een andere mindmap verplaatst. Je verzameling aantekeningen is op deze manier dus continu herstructureerbaar en je kunt de kennisbank mee laten ontwikkelen met je persoonlijke inzichten.

PDF-viewer

Docear past goed bij de Unix filosofie. Het heeft bijvoorbeeld geen ingebouwde PDF-viewer, dat laat het over aan andere applicaties die daar weer goed in zijn. Van belang hierbij is dat die PDF-viewer op de juiste manier annotaties en markeringen aanmaakt en opslaat. In de documentatie wordt de Windows applicatie PDF-XChange Viewer aangeraden, op de Linux desktop via de Wine emulator.

 Wij geven echter de voorkeur aan een ‘echte’ Linux applicatie en hebben enkele PDF-viewers samen met Docear geprobeerd. Het belangrijkste verschil in de samenwerking met Docear is dat wanneer je in PDF-XChange Viewer tekst markeert (highlight), deze bij het inlezen door Docear geïmporteerd wordt. Met een kleine work-around is dat echter ook met qpdfview mogelijk.

 In de instellingen van Docear kun je het commando opgeven dat moet worden uitgevoerd wanneer op een PDF-linkje of een PDF-annotatie geklikt wordt. Bij qpdfview kun je het zo instellen, dat deze de PDF meteen op de goede pagina opent. Dit kan ook bij Evince en Okular, wij vonden qpdfview echter het beste samenwerken met Docear. Je kunt in qpdfview op elke gewenste plek een annotatie (aantekening) maken. Hierna sla je het document opnieuw op. Wanneer je in Docear de mindmap ververst, dan wordt de annotatie in de mindmap verwerkt.

 Ook is het mogelijk om in qpdfview tekst te markeren (highlighten). Voor een goede samenwerking met Docear kun je die het beste dan ook als annotatie opnemen. Dit gaat in qpdfview op een wat bijzondere manier: Eerst druk je op Ctrl-C, hierna kun je met je muis een stuk tekst markeren. Nu klik je op “kopieer”. Vervolgens klik je bovenin op het paperclip-icoontje om de tekst te markeren. Je wijst nog een keer dezelfde tekst aan en klikt op “Add highlight”. De tekst wordt geel gemarkeerd en een leeg annotatie-window popt up. In dit windowtje klik je op Ctrl-V, waarmee de eerder gekopieerde tekst in het window geplakt wordt. Dit maakt het mogelijk dat, na het verversen van je mindmap, Docear de gemarkeerde tekst kan terugvinden. Door ergens anders in het document te klikken, verdwijnt het popup window. Vergeet niet om hierna de PDF opnieuw te saven.

Referenties

Een belangrijke onderdeel voor het gebruik als basis voor een proefschrift of scriptie is het referentie management. Bij het importeren van documenten kan Docear bestaande referenties herkennen. Verder kun je deze handmatig toevoegen, wijzigen of uitbreiden, bijvoorbeeld de URL waar je het betreffende document gevonden hebt. Ook kun je diverse keywords in de referenties opnemen. Gedurende de rest van het gebruik van Docear blijven de referenties intact, ook bij verplaatsen of kopiëren in de mindmap of naar een andere mindmap.

 In je uiteindelijke publicatie kun je de referenties automatisch laten invoegen, bij LateX documenten via het BibTeX formaat, bij Word documenten via een daarvoor in Docear gemaakte module.

 Een ander onderdeel van de metadata zijn zogenoemde attributen. Naast de bestaande attribuutvelden kun je zelf ook nieuwe attributen toevoegen. Bijvoorbeeld een attribuut ‘status’ waarin je dan een waarde zoals ‘nog_te_lezen’ of ‘gelezen’ opneemt. Een snelle manier om tijdens het werken een attribuut op te nemen of te wijzigen, is door in de bovenbalk bij Resources te klikken op ‘Edit attribute inline’. Je zou dit als een soort tags kunnen gebruiken.

Repositories

Wanneer je een paar jaar met Docear werkt, dan ontstaat een omgeving waarin duizenden documenten samen met je aantekeningen en commentaar verspreid over diverse projecten zijn opgenomen. Daar is Docear ook voor bedoeld, op deze manier ontstaat echt je persoonlijke kennisbank. Je kunt continu aan je kennisbank werken en de structuur van je mindmaps mee laten bewegen met de ontwikkeling van je inzichten.

 Je laat Docear diverse directories of directory-trees monitoren. Hierbij kun je instellen welke bestandstypen je in Docear wilt managen. Zoals hierboven beschreven is Docear gericht op PDF’s, maar je kunt ook office tekstdocumenten, spreadsheets, afbeeldingen, etc. in je mindmap laten opnemen. In de mindmap zie je in plaats van het PDF-icoontje dan een icoontje voor een extern linkje. Wanneer je hierop klikt, probeert Docear de juiste applicatie op te starten om het betreffende bestand te openen. Je kunt daarin uiteraard geen annotaties opnemen, gebruik hiervoor de notitie mogelijkheid in de mindmap-node.

 Je kunt desgewenst dus ook een complete directory structuur met documenten op je harde schijf in Docear opnemen en documenteren met notities, verwijzingen, relaties, herkomst, etc. Het hoeft daarbij natuurlijk niet alleen om kennisdocumenten te gaan. Je kan bijvoorbeeld ook een project maken waarvan de repository een directory is met al je belastingdocumenten, zoals de PDF’s van je BTW-aangiftes.

Zoeken

Docear heeft uitgebreide zoekfuncties. Helaas bevat het geen full-text search voor al je PDF-documenten. Wel kun je uitgebreid zoeken in je annotaties, node-notities, attributen, referenties, enzovoorts. De mogelijkheid om zelf keywords bij de referenties op te nemen en zelf attributen te maken, kun je gebruiken om later handig dingen terug te kunnen vinden of te groeperen.

Freeplane

Docear is gebaseerd op Freeplane, een populaire open source Java applicatie met een efficiënte gebruikersinterface die je even moet leren kennen. Een groot aantal sneltoetsen zorgen dat je er prettig mee kunt werken, bijvoorbeeld om nodes in- en uit te klappen, snel nodes toe te voegen of te verplaatsen, van de ene naar de andere sibling te springen of zelfs tussen verschillende mindmaps te schakelen. Een ander voordeel van Freeplane is dat je in de mindmap ook afbeeldingen kunt invoegen invoegen en LateX formules als node kunt aanmaken.

 De keuze voor Freeplane als basis maakt het ook mogelijk scripts te maken die bepaalde taken voor je uitvoeren. Er is een uitgebreide scripts-collectie. Mocht daar niet het script bij zitten dat je zoekt, dan kunnen één of meer scripts ongetwijfeld als inspiratiebron dienen.

 Je kunt in Docear in een mindmap een artikel, proefschrift of scriptie schrijven. Tijdens het werken kun je voortdurend aan de structuur blijven schaven. De keuze voor Freeplane als basis betekent dat je na afloop je mindmap in diverse formaten kunt exporteren, waaronder meerdere LateX mogelijkheden, odt, html en Microsoft Office formaten.

Desktop applicatie

Met Docear loop je niet het risico op vendor lock-in. De repositories waar je mee werkt, blijven onaangetast. Je hebt na jarenlang werk in Docear nog steeds gewoon directories en subdirectories met je basisdocumenten zoals PDF’s, met daarin je eigen aantekeningen. Verder heb je veel kennis in de mindmaps zitten, maar deze zijn standaard Freeplane XML documenten. Met de digitale duurzaamheid zit het dus wel goed.

 Doordat Docear een desktop applicatie is, heb je alles compleet in eigen beheer en ben je niet afhankelijk van anderen. De keerzijde hiervan is dat je zelf goed voor de back-up moet zorgen en je maatregelen tegen het risico van ransomware moet nemen. Vaak betekent de keuze voor een desktop applicatie dat regelmatige back-ups veel discipline van de gebruiker vereisen.

 De mindmaps zijn XML platte tekst bestanden, elk versiebeheersysteem kan hiermee overweg. Bescherm daarnaast de repositories, met daarin de documenten, verrijkt met je aantekeningen, commentaren en markeringen. Synchroniseer deze geregeld naar een externe locatie, als back-up en ter bescherming tegen het risico van ransomware. Een optie hiervoor is het open source Sparkleshare, deze synchroniseert automatisch en door het ingebouwde versiebeheer kun je altijd terug naar een voorgaande versie.

Tot slot

Docear is zeker niet alleen voor academici geschikt. Iedereen die een kennisbank wil opbouwen op basis van PDF’s, voorzien van eigen aantekeningen en commentaar, kan hier jaren mee vooruit.